La prima notizia ufficiale riguardante Giussano, territorio di confine tra la provincia di Milano e quella di Como già in epoca romana attraversato da un'importante via di comunicazione che univa le due città, risale al periodo della dominazione dei Franchi. Il comune è infatti citato in un atto notarile di permuta datato 789.
 
Nel IX secolo risulta poi abitare in Giussano una nobile e ricca famiglia di probabili origini longobarde che forse prese il nome dal luogo di residenza: è la famiglia dei "da Giussano" il cui più illustre discendente è il leggendario Alberto, capitano della Compagnia della Morte ed eroe della Battaglia di Legnano del 29 maggio 1176 combattuta tra i Comuni lombardi e l'imperatore Federico Barbarossa.
 
Nel periodo caratterizzato dalla signoria degli Sforza un provvedimento interessò il Comune di Giussano che nel 1478 venne incluso nel feudo di Alliate citra Lambrum (Agliate al di qua del Lambro) di proprietà dei Balbiani. La signoria degli Sforza si concluse nel 1535. Ebbe così inizio, con Carlo V, il periodo della dominazione spagnola caratterizzata da gravi calamità che colpirono anche il territorio di Giussano: la perdita di vite umane dovuta alla peste, le calamità naturali, le carestie ed i saccheggi ad opera di truppe di passaggio, furono causa di gravi problemi finanziari risoltisi solo a seguito della "pace dei Pirenei" tra Francia e Spagna (1659), pace che favorì una ripresa economica durata 40 anni.
 
Nel 1688 il territorio di Giussano venne acquistato in feudo dalla famiglia Crivelli, già detentrice dal 1647 e dal 1683 rispettivamente dei feudi di Robbiano (che allora contava 249 abitanti) e di Paina, Brugazzo e Birone. E' a questo periodo che risale sia la costruzione ad opera di Giovanni Battista Giussani della cosiddetta Villa Mazenta (edificio ora completamente restaurato) che l'instaurarsi di un legame di parentela tra la famiglia Giussani (estintasi nel 1741) e la Mazenta.
 
Con la caduta del dominio spagnolo in Italia (1713) la Lombardia passò all'Austria e dopo il 1748 (pace di Aquisgrana) trascorse un lungo periodo di pace. Nel 1760, a seguito della morte dell'ultimo dei Balbiani, la Regia Camera, in mancanza del preventivo assenso reale, non riconobbe la vendita del feudo di Giussano ai Crivelli ed avocò a sé lo stesso. Posto in vendita dieci anni dopo ed acquistato dal marchese Guido Mazenta contava circa 1000 abitanti dei quali 339 di età superiore ai quattordici anni. 

 Il periodo della Repubblica Cisalpina, caratterizzato da imposizioni fiscali, requisizioni e saccheggi, condusse nel 1802 alla nascita della Repubblica Italiana e nel 1805 a quella del Regno d'Italia. A capo dei Comuni venne posto un sindaco o podestà nominato direttamente dal governo; nei comuni di terza classe (con popolazione inferiore ai 3000 abitanti) c'erano due anziani ed un consiglio composto di 15 membri oltre ai due revisori dei conti.

In conseguenza della caduta di Napoleone anche il Regno d'Italia fu coinvolto nel crollo della potenza francese: nel 1814 la Lombardia tornò sotto la dominazione austriaca e nel 1815, unita al Veneto, costituì il regno Lombardo-Veneto. In questo periodo si verificarono ripetute crisi agricole, tra l'altro causate da un'epidemia di colera che provocò a Giussano 14 morti su 1868 abitanti ed a Paina 18 morti su 905 abitanti. All'interno della comunità di Giussano il ceto dominante era rappresentato dall'aristocrazia fondiaria che si dedicò anche all'industria, al commercio ed all'allevamento dei bachi da seta. La terra di Giussano, inclusa tra quelle chiamate "figuline", si rivelò anche adatta alla produzione di vasi, ceramiche e stoviglie.

Nel 1859 durante la guerra tra Austria e Piemonte la sconfitta degli Austriaci determinò l'annessione della Lombardia al Regno d'Italia. I risultati del censimento del 1861 evidenziarono che il territorio dell'attuale comune di Giussano, allora diviso in tre comuni, aveva una popolazione complessiva pari a 4152 abitanti. Nel 1870 al comune di Giussano furono aggregati i comuni di Robbiano e Paina (che comprendeva anche Birone).

 Nel 1875 fu eretto il municipio, edificio che ospitava anche le scuole e presso il quale hanno avuto sede per un secolo gli uffici comunali. Nel 1890 fu inaugurato l'Ospedale Borella al quale nel 1960 venne affiancato un nuovo edificio. La vecchia chiesa parrocchiale di Giussano che sorgeva in Piazza San Giacomo fu sostituita nel 1932 dall'attuale Basilica dedicata ai SS. Filippo e Giacomo.

La storia di Giussano prosegue nei primi decenni del 1900 illuminata dalla figura di Don Rinaldo Beretta, coadiutore che operò in Robbiano a far tempo dal 1898. Il sacerdote, condividendo lo spirito dell'associazionismo che caratterizzò quel periodo storico, intraprese numerose iniziative in favore della collettività. Di particolare rilievo fu l'istituzione di una scuola serale finalizzata all'alfabetizzazione della "sua gente" dal momento che saper leggere e scrivere era elemento indispensabile per acquisire il diritto di voto.

Il 2 Giugno 1946, in occasione delle votazioni per il referendum, Giussano si espresse a favore della repubblica.